A l’instar d’autres équipes de D1, le Dijon FCO Féminin est une jeune équipe qui grandit saison après saison. C’est en 2006 que le DFCO, alors exclusivement masculin, décide de se lancer dans le football féminin avec la création du DFCO Féminin. Le club bourguignon ayant l’ambition de former de jeunes joueuses, la section féminine ne dispose d’aucune équipe senior avant 2010, année de la fusion avec l’équipe de D2 de l’ASC Saint-Apollinaire. Pour sa première année d’existence, la désormais équipe féminine sénior  du DFCO brille alors en terminant deuxième de sa poule de D2 et en atteignant les demi-finales de la Coupe de France. En 2017, après deux saisons achevées au porte de la montée, les Chouettes accèdent à l’élite pour la première fois de leur histoire.